Pass Parameters from Linux/Unix Shell to R

Suppose there are two parameters (START, END) to be carried from Linux shell (bash) script to R. The trick is to use the argument "--args START=1 END=10" in a SGE jobscript to submit a R job in the BATCH mode: qsub test.sh

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args START=1 END=10' sample.R

Here is a template test.sh

#!/bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -N NAME_OF_JOB
#$ -M YOUR_EMAIL_ADDRESS
# email me when the job e-ends,a-aborts,s-suspends
#$ -m eas
#$ -S /bin/sh 
# Combining output/error messages into one file
#$ -j y

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args START=1 END=10' sample.R

 In the sample.R program, it should contain

#======================================================== 

# At the beginning of R, it should contain 

#======================================================== 

## First read in the arguments listed at the command line 

args = (commandArgs(TRUE)) 



## args is now a list of character vectors 

if (length(args)==0) {

                                print("No arguments supplied.") 

                                ## Supply default values 

                                START = 0 

                                END = 0 

                               }

else {

        for (i in 1:length(args)) { 

                                            eval(parse(text=args[[i]])) 

                                           } 

       } 

#======================================================== 

print(START) 

print(END) 

#======================================================== 

# Main R program 

#======================================================== 

for (i in  START:END) {
...
}

Reference Click Me